A Witcher harmadik része azzal kezdődik, hogy Geralt üzenetet kap Yennefertől, hogy találkozzanak, mert személyesen beszélniük kell. Geralt Vesemir társaságában elindul Yenneferhez, azonban a megbeszélt helyen pont egy csata zajlott le az északi és nilfgaardi seregek között, így Yennefernek el kellett menekülnie. Geralt és Vesemir egy Fehérgyümölcsös helyen érik utol Yennefert, ahol nagy meglepetésre nilfgaardi katonák kíséretében találják. Yennefer kérésére elindulnak Vizimába, ami már nilfgaardi megszállás alatt van, hogy Geralt találkozhasson Emhyrrel, de nem sokkal indulás után a Vad Falka lovasai csapnak le Geraltékra, és csak Yennefer varázslatának köszönhetően menekülnek meg.
Emhyr fogadja Geraltot, és közli vele, hogy Cirilla visszatért, de a Vad Falka üldözi. Emhyr megbízza Geraltot, hogy találja meg Cirit, amit Geralt el is fogad, ugyanis a nilfgaardi kémek segítségével könnyebben megtalálhatja Cirit. A jelentések szerint Cirillát látták Velenben és a Skellige szigeteken is. Yennefer elmegy a szigetekre, hogy ott kutakodjon.
Geralt ezután Velenbe megy, hogy megvizsgálja Ciri utolsó ismert tartózkodási helyét és kikérdezze a kémet, akit Cirire állítottak. Velenben azonban tombol a háború, a járvány és az éhínség, így Geraltnek nincs könnyű dolga, mert a vidéket teljesen elárasztottak a banditák és a dögevők. Első útja egy kis faluba vezet, ahol találkozni kell a kémmel, azonban mire megérkezik, már késő. A Vad Falka lovasai lemészárolták a falut, és megölték a kémet. Geraltnak azonban sikerül megtalálnia a kém titkos rejtekét, ahol 2 nyomra is bukkan: 1) Ciri találkozott a veleni ideiglenes helytartóval a Vörös Báróval, 2) egy Ciri kinézetű lányt láttak boszorkányok társaságában. Itt Geralt elkezd nyomozni a boszorkányok után, de véletlenül belefut Keira Metz-be, aki a környéken rejtőzködik, javasasszonynak álcázva magát. Keira azonban nem zsákutca, mert a segítségével kiderül, hogy Cirit egy titokzatos tünde segítette, aki a Róka fedőnévre hallgat. A Róka rejtekhelyét átvizsgálva kiderül, hogy Ciri megbízik a tündében, de a Vad Falka megintcsak megelőzi Geraltot, és minden Ciri hollétére utaló nyomot eltüntetnek. Keira még utoljára útbaigazítja Geraltot, hogy a boszorkányok, akiket keres valószínűleg a lápban élő 3 banya lesz, akiket a szomszédos falusiak istenként tisztelnek.
Mindeközben Geralt meglátogatja a Vörös Bárót is, aki elismeri, hogy összefutott Cirivel és segített is neki, de addig nem hajlandó segíteni Geraltot, amíg az nem segít neki megtalálni az eltűnt feleségét és lányát. Mindeközben Geralt belefut Umába, a világ legrondább emberébe, aki egy torz értelmi fogyatékos törpe. Geralt nem sokkal a nyomozás megkezdése után kideríti, hogy a két hölgy nem egyszerűen eltűnt, hanem elszöktek. A lány a közeli Oxenfurt városában talált menedéket boszorkányvadászok társaságában, amíg a feleségről kiderül, hogy régen egyezséget kötött a 3 mocsári banyával, és most jött el az ideje hogy törlessze a ráeső részt.
Geralt elindul a mocsárba, hogy utánajárjon a nyomoknak, ahol azt találja, hogy a banyák arra kényszerítik a helyi falusiakat, hogy öncsonkolás útján áldozzanak nekik. Eközben az is kiderül, hogy árva gyerekeket tartanak, hogy később megehessék őket, és azért kellett a Vörös Báró felesége, hogy ő vigyázzon a gyerekekre. Geralt megtudja a banyáktól, hogy Ciri egyszerűen csak odateleportált hozzájuk, majd miután megtudták, hogy benne van az ősi vér, értesíteni akarták Eredint. Ciri időben megszökött, és így került a Vörös Báróhoz, aki miután megtaláltuk a feleségét elmeséli, hogy Ciri lóháton továbbindult Novigradba.
Novigrádba érve Geralt összefut Kökörcsinnyel, Zoltánnal és Trissel. Kiderül, hogy Radovid minden varázslóra vérdíjat tűzött ki, és ezért Geraltnak segítenie ekll megszöktetni a Novigrádba rekedt varázslólat. Itt döntés elé áll, ha megkéri Triss-t hogy maradjon, akkor ezzel elindul a Triss románc, amíg ha hagyja elmenni, akkor marad minden a régiben. Geralt megtudja Kökörcsinytől, hogy Ciri egy ládát akart megjavítani, és ehhez egy Kölyök Kurafi nevű bandavezér segítsége kellett. Kurafi beleegyezett, hogy segít Cirinek, amennyiben Ciri megszerzi neki Dijsktra vagyonát (aki mindeközben álnéven egy bandavezér lett a novigradi alvilágban). Kurafi végül elárulta Cirit, aki csak Dudu (az alakváltó az egyik novellából) segítségével tudott megszökni, azonban az egész kalamajka felkeltette a helyi templomi gárda figyelmét, akik megpróbálták elkapni Cirit. Ciri csak úgy tudott elmenekülni, hogy egy nyílvessző elől elteleportált, de közben a láda Dudunál maradt, aki végül Geraltnak adta.
Miután Novigrádban mindent megtudott, Geralt Ard Skellig felé vette az irányt, hogy besegítsen Yennefernek. Kiderül, hogy az Ard Skellige-i erdő egy része elpusztult, és Yennefer ennek akart utánajárni, de a druidák vezére Ermion (akivel Geralt találkozik a Cintrai lakomán az egyik novellában) ezt megtiltotta neki. Geraltnak végül sikerül meggyőznie Crach an Craite-et (Calanthe királynő volt szeretőjét), hogy győzze meg a druidát, hogy mégis csak engedjen be minket. Ám Yennefernek ez sem elég, mert el kell lopni Ermiontól még egy varázsmaszkot is, aminek nagy jelentősége van a skellige-i vallásban, és elvileg arra használható, hogy múltban történt eseményeket lehet megidézni vele. Yennefer végül felhasználta a maszkot, és kiderítették, hogy Ciri egy varázsló társaságában volt itt, amikor a Vad Falka rájuk támadott. Ciri-nek sikerült egy portál segítségével Velenbe teleportálnia (pontosabban a 3 banyához), de a varázslót átok érte, és ugyan az üldözőjét bele tudta lökni egy portálba, ő maga nem tudott elmenekülni.
Habár Ermion őrjöngött, hogy ellopták a maszkot (ami a használat után haszontalanná vált), ráadásul az egész művelet egy hatalmas vihart idézett elő, és elárasztotta a környéket ködárnyakkal, mégis tovább segített Cirilla megtalálásában, és elvezette Geraltot és Yennefert egy közeli faluba, ahol nemrég feltűntek a Vad Falka lovasai. Geralt és Yennefer kikérdezve a környékbelieket arra jutottak, hogy csak egy ember menekült el a támadás elől, és ha valaki, akkor ő tudhatja mi történt. Mivel azonban elmenekült, ezért a skelligeieik megvetették és kitaszították a társadalomból. Hogy visszanyerje nevét és becsületét, egyedül szállt szembe a környéket terrorizáló vérfarkassal, és mire Geralték megérkeztek már csak a tetemét találták. Yennefer nekromágiát használva szóra bírta a tetemet, és kiderítették, hogy Ciri valóban volt a faluban a támadás előtt, méghozzá Novigrádból teleportált ide. A támadáskor sikerült Cirivel elmenekülniük, és találkoztak egy tünde mágussal egy csónaknál. A tünde láthatóan gyenge volt, és utolsó erejével elkábította Cirit, majd útnak indította a csónakkal. Ekkor érték őket utol a Falka lovasai, akik kiütötték a fiút. Amikor a fiú újra magához tért nem talált mást, csak egy torz törpenövésű embert.
Geraltnak ekkor eszébe jut, hogy a Vörös Bárónál találkozott egy ilyen torz emberrel, ezért visszautazik Velenbe, hogy kiderítse, hogy van-e kapcsolat a kettő között. Kiderül, hogy a Vörös Bárónál lévő szörnyeteg is a Skellige szigetekről származik, ezért Geralt magával viszi a torzszülöttet Kaer Morhenbe, hogy a Dudutól kapott ládika segítségével feloldja az őt ért átkot. Miután kisebb-nagyobb nehézségek árán sikerül levenni a torz emberről az átkot, kiderül, hogy a tünde mágus, aki segítette Cirit nem más mint Avallach, Auberon király (az a király, akit Eredin megmérgezett, hogy király lehessen) volt tanácsosa.
Avallach, ekkor még túl gyenge, hogy segítsen, de elmondja Geraltnak, hogy Cirit a falusi támadás után egy elvarázsolt Skellige-i szigetre, a Köd szigetre menekítette a Vad Falka elől. Geralt elindul, hogy megkeresse Cirit, akit végül meg is talál még mindig a kábító varázslat alatt. Geraltnak sikerül megtörnie a varázslatot, és elbeszélgetnek Cirivel. Itt kiderül, hogy nem sokkal azután, hogy a könyvek végén Ciri kirakta Yennefert és Geraltot Avalon szigetén, Avallach megtalálta őt, és felajánlotta, hogy a mentorja lesz. Mivel Eredin mindkettejük ellensége volt Ciri elfogadta a felajánlást, és egészen az Ard Skellige-i erdőben történt támadásig közösen utaztak.
Gerlat visszaviszi, Cirit Kaer Morhenbe, ahol eldöntik, hogy csapdát állítanak a Vad Falkának. Geralt feladata, hogy összetoborozzon mindenkit, akik hajlandóak segíteni Cirinek a Falka ellen. Ekkor fel kell keresni mindenkit, akinek segítettél eddig a játék során. A besorozható emberek a következőek: Keira Metz (amennyiben segítettél neki egy küldetés során); Letho (amennyiben életben hagytad a második rész végén); Triss (amennyibe segítettél megszöktetni a varázslókat Novigrádból); Vernon Roche (amennyiben segítesz neki egy küldetésben); Zoltán (feltétel nélkül); Ermion (feltétel nélkül); és Crach an Craite fia, Hjalmar (amennyiben segítettél új uralkodót választani a Skellige szigeteken). Emhyr csak küldene segítséget, ha a csata irányítását az egyik tábornoka kapná, amit Geralt elfogadhatatlannak tart, ezért nem kér a segítségből.
Miután a csapda készen áll Ciri egy teleportálásával magára vonja a Vad Falka figyelmét, és elkezdődik a csata. Habár Geralték rengeteg lovast lemészárolnak, a Falkának mégiscsak sikerül bejutniuk az erődbe. Az erődben Eredin mindenkit lefagyaszt leszámítva Vesemirt és Cirit. Ciri már készen van arra, hogy feláldozza magát a többiek életéért cserébe, amikor Vesemir megtámadja Eredin jobbkezét Imlerithet. Imlerith megöli Vesemirt, aminek hatására Ciri elszabadítja az ősi vér erejét és egy hatalmas hanghullámenergiát kibocsájtva magából menekülésre kényszeríti a Vad Falkát. Mielőtt kárt tenne magában Avallach ismét elkábítja Cirit.
A vereséget követően új tervre van szükségük, hogy elintézzék a Vad Falkát. Geralték arra jutnak, hogy előtte meg kell hogy gyengítsék őket. Gerlat és Ciri titokban elutaznak a veleni mocsárba, ugyanis tudják, hogy Imlerith gyakori vendég a 3 banyánál. Ciri és Geralt lemészárolnak 2 banyát, és Imlerith-tel is végeznek. Ezután segíteni kell Trissnek kiszabadítani Philippa Eihartot Dijskrtától (aki még mindig haragudott rá a Thanedd-i puccs miatt). Ezután nem sokkal Yennefer kéri meg, hogy szabadítsa ki Margaritát a boszorkányvadászok fogságából. A kiszabadításuk után Philippa és Margarita beleegyeznek, hogy segíteni fognak a harcban a Vad Falka ellen. Ezután Avallachnak kell segíteni eljutni Tir ná Liába (az Aen Elle hazájába), hogy meggyőzhesse Ge'els-t, Tir ná Liá kormányzóját - akit Eredin hátrahagyott, hogy távollétében uralkodjon - , hogy Eredin okozta az előző király, Auberon halálát. Ge'els hisz Avallach-nak, és beleegyezik, hogy amennyiben Eredin legközelebb erősítést kér, Tir ná Liából nem fog érkezni senki a segítségére.
Miután mindenki készen áll a harcra, Gerlaték elutaznak Skellige szigetekre, hogy ott állítsák fel a csapdát a niflgaardi flotta segítségével. Itt csatlakozik a csapathoz Fringilla Vigo is. Eztán Ciri megkéri Geraltot, hogy segítsen bejutnia Avallach titkos rejtekhelyére. Itt rájönnek, hogy Avallach csak azért segít Cirinek, hogy Ciri megakadályozza Ilithine próféciáját, és megállítsa a Fehér Fagy eljövetelét. Ciri nyilván nem örül, hogy a mestere csak kihasználja, de a terven nem változtatnak, Eredinnek meg kell halnia. Ezután Ciri megkéri Geraltot, hogy kísérje el a megtámadott faluba, hogy meglátogathassa a fiúnak a sírját, aki segített neki megszökni. Ezután minden kész a harcra. Megjegyzem, hogy a Kaer Morhen-i támadástól idáig van 5 döntés, ami nagyban befolyásolja a sztori végkimenetelét. Attól függően, hogy Geralt miket választ 3 féle vége lehet Ciri történetének, de ezeket majd később kifejtem.
A végső csatához, megintcsak előcsalták a Vad Falkát, azonban a tenger befagyott, mielőtt a nilfgaardi flotta segítségre tudott volna sietni. Végül a skelligeiek is megérkeztek a harcba, hogy megküzdjenek a nilfgaardiakkal és a Vad Falkával. Ciri elszakadt a többiektől és Caranthirba futott bele (Eredin bal keze, aki felelős a Vad Falka utazásáért a téren keresztül). Ciri végül legyőzte Caranthirt. Mindeközben Geralt végigküzdötte magát a Vad Falka katonáin, elér Eredinhez és megölte, de Eredin utolsó szavaiból kiderült, hogy az egész csata egy nagy csapda, amit Avallach állított fel. Eredin elmagyarázta, hogy a Vad Falka megérkezése Skelligére meg volt jövendölve, ahogy az is, hogy ekkor megnyílik a világok közötti kapu, és elkezdődik a Tedd Deireadh, a Végidő.
Geralt elindult a kapu felé, hogy megmentse Cirit Avallachtól, aki Caranthir legyőzése után elindult Avallach-hal egy torony felé. Amikor Geralt utolérte őket, Ciri bevalotta, hogy tudott Avallach terveiről, és önként egyezett bele a kapu megnyitásába, de nem mondta el Geraltnak, mert tudta, hogy nem egyezett volna bele. Ciri önkéntesen belépett a kapuba, hogy ezzel megakadályozza Ilithine próféciájának beteljesülését.
Ezután következik a 3 féle befejezés:
1) A rossz ebfejezés: hónapokkal később Geralt a veleni mocsárban egy vérfarkas segítségével megtalálja az utolsó banyát, aki közli vele, hogy a prófécia bekövetkeztét ugyan sikerült megakadályozniuk, de Ciri visszatérésére ne számítson, mert a lány nem élte túl.
2) A wicher befejezés: Geralt beszámol Emhyrnek a történtekről, és arról, hogy Ciri nem tért vissza a portál másik oldaláról. Emhyr elküldi Geraltot, azzal, hogyha mégegyszer találkoznak, akkor megöli. Geralt ezután találkozik egy kováccsal, akitől kap egy witcher kardot, majd egy kocsmában belefut az inkognitóban lévő Ciribe, és együtt elindulnak a nagyvilágnak mint két witcher.
3) Az uralkodó asszony: Ezt a befejezést csak akkor lehet megkapni, ha Ciri megtalálása után elkíséred őt Emhyrhez, hogy beszélgethessenek kettesben, és természetesen Cirinek túl kell élnie a portált. Ekkor Ciri és Geralt elindulnak a vadonba beszélgetni egy kicsit, majd egy griff majdnem megöli Cirit. Ciri ekkor beismeri, hogy nem fog Geralttal tartani, mint witcher, hanem csatlakozik Emhyrhez az uralkodásban. Mire visszaérnek a fogaadóhoz már egy nilfgaardi különítmény várja Cirit, és végleg elbúcsúznak egymástól.
Ettől a 3 befejezéstől függetlenül Geralt összejöhet Trissel, vagy Yenneferrel, de akár egyedül is maradhat, ha megpróbálja mindkettőt egyszerre románcolni.
A háború végződhet északi győzelemmel, amennyiben Geralt visszautasítja Dijskra ajánlatát, és nem öli meg Radovidot (ezt még akkor ajánlják fel, amikor Geralt Ciri nyomaiban jár). Ekkor egész észak egyesül Radovid zászlaja alatt, de elkezdik üldözni a másfajúakat. Ezután Emhyrt a harmadik sikertelen háború miatt a nemesség meggyilkolja Nilfgaardban, Amennyiben Geralt rész vesz a merényletben és Radovid meghal, akkor Emhyr elfoglalja egész északot, és a királyságok provinciaként léteznek tovább (Temeria is Foltest törvénytelen lányának uralma alatt).
A játékhoz van 2 kiegészítő, amiből az egyik szinte teljesen elejthető, a másik során viszont Geralt visszatér Toussaintba Anna Henriettához, de ez már annyira nem tartozik a főtörténethez, így ezt most nem venném hozzá (főleg, hogy ma már eleget gépeltem )